在朱尔典为承德斡旋后，总税务司和东北方面也实现了谅解，东北方面承认总税务司对于东北境内的海关拥有统一领导权，而总税务司则承认东北方面对于关余有自由支配权。可不必存入汇丰银行。由于东北是货物进出口要地，再加上秦时竹很早就废除了很多苛税和厘金，东北的进出口贸易额不但没有因战争而受到影响，反而加速上涨（当然也有一部分是因为成本较低，分流了天津等地的关税而导致）。北疆政府之所以日子比较好过，不仅因为有北方实业这个造血机器，几处海关的控制权也是裨益甚多。
但自秦时竹当选总统入主中央政权后，关于海关控制权又成为中英交恶地关键点。以安格联为代表的总税务司和以朱尔典为代表的公使团不肯放弃从清政府手中攫取的特权。借口清政府既然已经允诺而且中国新政府业已表明“维持和遵守一切国际义务和条约”的态度，袁世凯政府在和各国接洽“善后大借款”的草案中也有类似提议，那么中国新政府应该正式承认总税务司拥有前述权力。而中国方面则认为，这种要求无论从法理还是道义上说都是说不通的，中国和各国之间并没有任何有关这一事项的文本依据，而且清廷当时做出地决定是风雨飘摇中的紧急行为，根本不足以代表中国的正式态度。现在大局稳定，自然应该恢复到以前正常时期的局面。唐绍仪在和朱尔典接洽的过程中强硬地表示：“海关征税权利为我国既有之主权。绝不会拱手让与他国，安格联虽系外员，却是为中国政府服务之官员，若其固执己见，则中国政府必欲去其而快。中国人、美国人乃至德国人都可以担任这一职务……”
朱尔典当然明白这句话后面的意思，唐绍仪明着是指责安格联的不是，但没有一句话不是在指责他朱尔典的。若是搁在以往，不要说商谈。就是中国政府敢于说出这种话语都是不可想象地，但时代不同了，朱尔典无法再继续对抗。秦时竹在东北已有这样的“先例”，完全可以想象得出来他会采取什么行动——比如，可以在崇明岛上设立一个海关，让流经上海、江浙海关的货物从那里登记出入口，成为事实上的主要海关。虽然洋员控制了海关的大权，但大部分在海关工作地基层人员都是中国人充当的。难保他们不在爱国情绪的激励下为中国政府效劳。更何况，这是个“无法无天”的总统，如果他派兵接收海关关权英国又能怎么样？派遣军队来进攻么？可大英帝国现在分身乏术啊！
当然，唐绍仪选择在此时发难，也有更深层次地原因。一方面固然是时机问题，吃准了英国人焦头烂额，非逼迫对方让步不可；另一方面也是着眼于增加中央控制权的大局。清代中央政府逐渐对地方失去控制，主要原因在于在财政上失去对地方政权的控制。不但中央财政要仰仗地方解款输送。而且各项赔款、借款都要由地方分担，在这个前提下。地方当然也理直气壮地要求分润本地的海关收入。几乎每个海关关余的六成到七成都是被地方截流的，南方各省尤其严重。总税务司将海关关税全部纳入汇丰后，固然是掌握了中国的关税大权，但在另一方面也为中央政府收归税收统一大权创造了机会。秦时竹在私下里和唐绍仪说道：“虽然英国人把我们的关税全收了去，但在一定意义上，我们还不得不感谢英国人，正是他们把钱收走后防止了地方滥用关税。你想想，倘若冯国璋、朱瑞有动用本省关余地权利，他们的军队该用什么样的武器装备起来？中央解决他们要付出多大的代价？哪怕不用军事手段，单纯和地方扯皮就够中央忙乎几年的……总税务司把各地的钱全收上来了，很好！免得中央一家家去收嘛……所以说安格联在这件事上是‘有功的’，他在不知不觉当中充当了历史进步的工具！虽然不是他自愿地！”
因此，中英关于海关关税地控制权问题还是可以找到利益共同点的，在双方各退一步后，有关协议又达成了。中国做出地退让是：“中国政府废除已设海关方圆50里地内的常关(即内陆征税机构)，将其征税权力一体纳入于当地海关；中国政府承认，今后倘若自行开放商埠、设立海关，则一体纳入总税务司监管范围……”，而总税务司则发表声明：“鉴于中国政局趋于稳定，中国政府做出了履行一切国际条约和义务的庄重承诺，本总税务司即日起即将海关关税剩余部分存入中国中央银行，由中国政府财政部支配；总税务司同时承认自9年以来各地海关人员的变更。”次日，安格联发表声明：“……为充实海关力量，总税务司决定举行海关特别文官考试。”双方同时一致声明：“双方承认，中国政府及其相应机构对海关缉私负有义务，总税务司对于缉私工作负有领导和监察之责。”
当然，海关关税控制权只是中英在关税问题上对立的冰山一角，更为要害和致命的则是关税税率制定问题。自鸦片战争清政府战败求和并签订《江宁条约》后，中国关税主权开始遭受侵夺：其一，从订约的内容来，自通商五口税则订定之后，中国不得自定征税则例，实际上海关进口税由洋人说了算，一直保持逢百抽五；其二，进口货之内地通过税，受“不得过某分”的限制，只准值百抽25，而国货所需要缴纳的厘金大大高过此数，实际上是对国货予以歧视性待遇；其三，由于银价跌落，而关税税则多年不得更改，真实关税连5％都不到，只有2％－％左右，在大量廉价国外工业品的倾销下，国货奄奄一息。
就这样，从5年订定的旧税则一直施行到90年缔结《辛丑条约》为止，前后44年未曾修改一次，中国关税权力丧失殆尽。在此44年间，清政府也曾两次要求修改，都因国力孱弱而无结果，中国日益成为列强倾销商品的市场。直到《辛丑条约》签定时，为筹议赔款，洋大人们方“恩准”清政府要求加税的要求，但即便这样，也不容许对税率加以变更，只说将值百抽五的税则增加“切实”二字，自民国政府成立以来，虽然一直也有更改税则的建议，但列强根本没有放在眼里，阻力最多的就是英国。