在2月1日七纵聚歼迪化一线敌军，突击部队控制塔城、伊犁并切断溃敌退路后，人民军在新疆境内大规模的作战行动就基本上结束。剩下的就是搜捕从战场上逃离的零散溃兵，以及九纵向南疆的进军了。
在新疆冬季的严寒里，那些离开战场的零散败兵根本就逃不出多远。南疆则因马仲英、和加尼牙孜带部北上，剩下的只是几十、上百人规模的小股地主武装或匪帮，根本就无法对抗九纵的几万人马。因而，人民军在新疆的进展也就相当顺利。
不过，为了给人民军进军南疆、出击北疆和蒙古的行动增加便利，也为了能有更多向新疆和蒙古西部调运物资，西北政府和人民军总部对新疆战役结束的消息密而不宣。
甚至赵振中还在2月5日特意派人民军总部电讯处主任严震和在西北负责通讯设备研制生产的刘成海赶到迪化，利用缴获的密码，以苏联外交特派员阿布列索夫的名义向莫斯科发报，称迪化战事仍在进行。当天，还以金树仁名义向国内各界通电，称“民匪主力已龟缩迪化城内，新疆部队正节节推进，收复迪化已翘首可待”。
当然，这种做法可一不可再，冒充金树仁还好说，要是一再冒充老毛子，那肯定会有露出马脚的时候。因而，在2月5日之后，人民军便停止了冒充行动，只利用缴获的密码监听新疆周边苏联当局的电讯往来。
而为了迷惑外界，西北人民广播电台也在2月5日发布了一则消息，称“一时的退让是为了更好地消灭敌人，人民军在迪化一线的抗击正为一举聚歼敌军创造机会”。
两个声音，两种截然不同的说法，致使外界一时难以辨别其中究竟。而去往新疆的道路又因人民军封锁和风雪相阻无法通行，使得想一探其中真相的有心人也无法成行。若仅从双方所说来判断，似乎人民军遭受了一定损失，可金树仁当局很可能不象其宣称那样乐观，双方的战斗应该还会再持续一段。
但在2月8日，英国驻喀什噶尔总领事馆却向英国国内发回了一则消息，称“有大股不明武装出现在巴楚以南，由此判断迪化一带的战事或已结束，胜利者正向新疆南部推进，且胜利者很可能是人民军”。
英国人从民国初年在喀什噶尔设立总领事馆后，就在南疆一带建立情报网络，鼓动、支持当地的民族分裂势力并从中获利。虽然33年挑动南疆分裂势力建国没有成功，可在喀什噶尔周边的情报网络却并未遭到毁灭性打击。现在虽然从巴楚南面阿克沙克毛拉传回的消息有些模糊，但英国驻喀什噶尔总领事馆却已经有了基本判断。
在迪化一线激战的新疆当局和人民军，战败一方都不会在这个时候逃向南疆。若战败，金树仁当局应该会向塔城或伊犁方向撤退，以就近获得苏联人的支持；而人民军若战败，则应该退往东疆。双方战败后都不会在冬季跑到缺乏军需物资补充的南疆。只有战胜的一方才会从容挺进南疆以扩大战果。
至于判断战胜一方是人民军，则是基于两个原因：一是若金树仁当局获胜，肯定会大张旗鼓地宣扬胜利，决不会偃旗息鼓地向南疆开动；二是传来的消息上说的是“大股不明武装”，而金树仁当局的武装是探子能够辨识的，因此，在这个时候能向南疆出动、探子又认不清的只有人民军
虽然沙俄进入南疆比英国人早，可中间经过苏俄**、白俄残余退入南疆等影响，加上苏联在新疆使领馆在24年才重新在沙俄使领馆的基础上开设，苏联在新疆，特别是南疆的消息就远不如英国人灵通了。
在2月9日晚，人民军占领伽师并向疏勒、附疏推进时，苏联驻喀什噶尔的领事馆才匆忙间向莫斯科发回了一则消息人民军大股兵力进抵伽师，正向南开进。迪化一战应已结束，金树仁当局应已战败”。
但当莫斯科当局于第二天联系喀什噶尔领事馆时，却再没有得到任何回复。苏联外交部通过驻英国大使想通过英国当局获得喀什噶尔的情况，却被英国外相贺尔告知从9日晚之后，英国当局同驻喀什噶尔总领事馆也失去了联系。”
消息传回莫斯科后，外长李维诺夫心急如焚。新疆局势肯定发生了不为人知的巨变，而在新疆境内的几个领事馆现在却全都失去联系
想到将要面对斯大林的怒火，李维诺夫满头冷汗可就下来了。不过，这样重大的消息肯定是瞒不了的，而且说不定现在斯大林已经了有关消息。李维诺夫不敢怠慢，赶紧向克里姆林宫奔去。
听了李维诺夫磕磕巴巴对新疆局势的判断，斯大林面沉似水。
虽然苏军入疆兵力不是太多，可包括步兵、坦克、空军在内，总共也是6千多兵力。这么一股精锐竟然让在中国西北崛起的人民军给一口吃了下去这实在让人无法容忍
不过，最让斯大林恼火的是，由于此前为了驳斥人民军的指责，缓解莫斯科所面临的国际压力，苏联方面已经公然宣告“苏军绝对没有进入新疆”，这就使苏军入疆兵力的损失成了一个实实在在的哑巴亏莫斯科有苦难言，有火难撒
而且，现在斯大林考虑的已不是入疆苏军被消灭的问题，而是为苏军入疆作战把人民军完全给推到了苏联的对立面、为今后新疆出现一个对苏联充满敌意的势力而头疼。况且，人民军既然能一战歼灭新疆境内包括入疆苏军在内的几万兵力，其实力已不可轻视，也足以引起莫斯科的高度警惕。
斯大林李维诺夫这一段把注意力放在欧洲和东亚方向，特别是德国和日本身上，新疆方向出现疏漏也在所难免。要说负责的话，也是中亚军区的责任更大。入疆精锐被敌人消灭至今却没见到中亚军区有任何情况上报，还是苏军情报局塔城方向有异动而于2月9日一早报告莫斯科的。不过，也仅比李维诺夫早了一天而已。
“情况我已经了。外交人民委员会应就领事馆和外交人员、我国侨民生命财产安全一事发表声明，表明我国立场。态度一定要坚决，必要时，为了维护国家尊严，我们不惜出兵新疆。”斯大林吐了一口烟雾，又沉着脸告诫道，“外交方面的不足要尽快弥补，对德国、日本，以及欧美其他国家的工作决不能出现新疆那样的失误”
虽然无法就入疆苏军被歼灭一事向人民军发难，可若人民军在苏联驻新领事馆和侨民上有令人指摘的地方，斯大林也不介意趁机出兵新疆，把人民军这一潜在的威胁尽早消灭。再说，只要用心，借口总是有的。一股对苏联充满敌意的势力，还是在其未崛起之前就消灭得好。斯大林心里已动了要把人民军早日除掉的念头。
一边战战兢兢的李维诺夫听了斯大林的话后，明白此番算是过了关，心中的一块石头才算落了地。他连忙表态道声明一早就见报。保证今后不再出现类似失误”
斯大林点点头，然后示意李维诺夫可以离开了。
……
到2月10日晚，也就是北进集团出击蒙古并已基本达成战役目的的时候，西进集团指挥下的九纵也分东、西两路完成了挺进南疆的作战任务，控制了新疆通向外界的吐尔尕特山口、乌孜别里山口、喀喇昆仑山口等一众要隘。
在1月29日反击作战开始后，九纵纵队长王凤山就和参谋长鲁学义率领主力由轮台出发，沿西线向库车、阿克苏、巴楚、疏勒等地挺进；而副纵队长吴迪则带领3个团近万兵力由库尔勒出发，沿东线向尉犁、若羌、且末、于阗、策勒、和田等地进发。
从距离上看，西线由轮台到疏勒的距离有840公里左右，东线由库尔勒到和田的距离有1300多公里。无论哪一线都远超北进集团挺进北疆、蒙古的距离。
路程虽远，但九纵挺进南疆的难度却远远小于北进集团出击北疆和蒙古西部。其原因有二：
一是两线都有现成的道路可用，而且都是从丝绸之路开辟后通行上千年的通道。虽然还不足以通行重载快速汽车，但通行胶轮马车和3吨载重汽车慢行还是没问题的。
二是南疆气候远不象北疆和蒙古西部那样寒冷。由于有天山阻挡，南疆的气温要比北疆高出一大截。象库尔勒和轮台一带，2月份多年平均气温在零下2度多点，即便夜间最低温度也只是零下10度左右。这样的天气，夜间行军是完全没问题的。
实际上，若非九纵东、西两路采取了“夜间行进、白日平定、抵达一处、稳定一处”的行军方案，西线从轮台到疏勒840公里、东线由库尔勒到和田1300多公里的路程根本就不用了到2月9日晚才抵达。
夜间行进除了是避免过早暴露人民军进入南疆的消息外，也是为了出其不意打击那些形形色色的分裂势力。在利用夜间开进到某一地域后，九纵就凭借兵力和机动优势拉起封锁线，许进不许出，等天亮后再逐一清理封锁线内的各种反对势力。
敢于顽抗的一律就地处决，其他抓获的分裂势力分子将被送去服劳役，从事修建道路、采矿、构筑工事等重体力劳作。
人民军后面还要面对来自苏联的强大压力，自然不允许控制区内还留存着各种分裂势力。况且，这些分裂分子里，大多是白俄残余和极端宗教势力，对新疆当局乃至中国根本就谈不上认同感，想的只是利用外国扶持，在新疆这个地方裂土建国。针对这种情况，当初赵振中制定完新蒙作战计划后，曾特意把即将出任九纵主官的王凤山、吴迪等人找来面授机宜，明确要求出击南疆决不能手软，一定要杀出至少10年以上的太平来”
2月11日，吴迪所率领的东线部队已经从和田赶到了蒲犁，同王凤山率领的九纵主力在这里会师。至此，新疆东、西两线所辐射到的通向外界的各个山口也全被人民军所控制。
“老王，我这一路上就没碰到硬茬子，都是些小鱼小虾。除了让新兵见了血外，根本就没啥收获。你这边怎样？”一见到王凤山，吴迪就忍不住问道。
王凤山看看眼前由东、西两线抵达这里的部队，指点着说道我看这部队明显比出发时多了几分硬气，收获还是有的。”
虽然没有经历大的作战行动，但九纵沿途对形形色色分裂分子的清理却使纵队里一万多新兵全见了血。会师后的部队明显比出发时多了不少肃杀、果决的气质。这也有利于增强九纵今后的战斗力，无惧来自当面苏军的压力。自然也是让王凤山满意的地方。
随即，王凤山有些无奈地说道不过，我这边也没有大仗可打，除了在喀什噶尔抓了苏联、英国使领馆一些人员，又按搜出来的名单清理了一些间谍外，基本上和你没多大区别。”